植物学学科是九江学院重点建设的学科之一。自上世纪八十年代开始，学科团队依托庐山和鄱阳湖流域丰富的植物资源，在毛茛属植物多倍体和同倍体杂交物种形成机制、赣西北大型真菌资源及其生态分布等研究领域取得一定的研究成果，为植物学学科发展奠定了良好的基础。进入二十一世纪，学科点紧跟现代生物科学和技术的发展步伐，运用现代生物科学的理论和技术方法，进一步围绕本地区植物生物多样性和特色植物资源开发利用开展研究，通过大力加强学科团队建设，不断凝练学科方向，逐步建立了一支结构合理、素质较高的学科队伍，在“植物系统进化与生物多样性保护”、“植物基因资源与功能基因的开发和应用研究”、“微生物资源与利用研究”三个研究方向上形成了一定的特色和优势，在团队建设、科学研究、人才培养等方面取得较好的成果。2006年植物学学科入选九江学院“十一五”重点学科，2011年入选江西省“十二五”重点学科。